Il Museo ospita opere appartenenti alle Collezioni Civiche, che formavano l’ottocentesco Museo Patrio. Il nuovo percorso espositivo (2023) MACA Mantova Collezioni Antiche è dedicato a quattro collezionisti mantovani: Francesco II e Vespasiano Gonzaga con le loro antichità classiche, Giuseppe Acerbi con la collezione di materiali antico egiziani, islamici ed etnologici; Ugo Sissa con la collezione mesopotamica. Il Museo accoglie al suo interno anche il Centro Studi e Documentazione delle Collezioni Civiche.

Il ricco patrimonio conservato all'interno del museo è catalogato in Lombardia Beni Culturali.

Il Museo della Città, situato all'interno dell'area della città Patrimonio UNESCO, è stato riconosciuto come Museo nel 2004.