La Casa Museo realizzata nel 2003, deriva dalla trasformazione di un monastero femminile di fondazione cistercense della fine del XII secolo, soppresso e trasformato in residenza patrizia nella seconda metà del XVI secolo. Conserva l’aspetto di antica dimora, frutto delle sovrapposizioni degli interventi operati dai diversi proprietari, mantenendo intatto l'edificio e permettendo di ammirare nel percorso museale, diviso in 14 sale la raffinatezza delle decorazioni e degli arredi, la ricchezza dei materiali e la varietà degli stili. Le stanza più importanti sono la Sala Nera, costruita da in stile neo-rinascimentale, la Sala della Musica, così chiamata per i due pianoforti con l’effige del giovane Mozart, il Salottino Mornico,  la Sala Rossa, che deve il suo nome al colore delle tappezzerie e degli arredi neorococò in legno intagliato e dorato,  e la Sala Fermi, nella quale il fisico Enrico Fermi tenne le sue ultime lezioni nel 1954.

La Casa Museo Villa Monastero è stata riconosciuta da Regione Lombardia come Raccolta Museale nel 2004 e come Museo nel 2021.