Il Museo Archeologico, inaugurato nel 2001 all'interno di Palazzo Belgiojoso, documenta gli insediamenti umani dal Paleolitico all’Alto Medioevo, presentando tutte le culture - Polada, Golasecca, La Tène, Romana - che si sono susseguite nel Lecchese. Tra i numerosi reperti archeologici ritrovati e esposti spiccano i manufatti della Bagaggera di Rovagnate con tracce di insediamento dell’Uomo di Neanderthal nel Paleolitico e il menhir istoriato proveniente dal comune di Ello (età del Rame). Il Monetiere, le Collezioni greche, etrusche e italiote e la sala dedicata alla metallurgia completano il percorso espositivo.
Le collezioni del museo sono catalogate su Lombardia Beni Culturali.

Il Museo Archeologico di Lecco è stato riconosciuto da Regione Lombardia come Museo nel 2007.