Il Museo ha sede nel Palazzo Sassi de’ Lavizzari, situato nel cuore del centro storico e risalente al XVI secolo, con interventi nel XVIII secolo. Al primo piano si trova la “stüa”, stanza tipica dell’area alpina, completamente rivestita in legno. Fondato nel 1947, nel 1961 viene aggiunta la sezione del Museo Diocesano di Arte Sacra. Il percorso si sviluppa dalla sezione archeologica fino all’arte del XX secolo. La collezione più importante è quella dei pittori Ligari, con materiali - dipinti, manoscritti, disegni, stampe, gessi, libri e oggetti fatti per lo studio del pittore - appartenenti a Pietro Ligari e alla sua famiglia.

Il ricco patrimonio conservato all'interno del museo è catalogato in Lombardia Beni Culturali.

Il MVSA - Museo Valtellinese di Storia e Arte è stato riconosciuto come Museo nel 2004.