Il Museo Archeologico "Paolo Giovio" si compone di varie sezioni. Alcune sale sono dedicate al collezionismo, come la sala egizia, la sala delle gemme, quelle dei vasi greci, delle monete, dei bronzetti italici e romani e la ricostruzione dell'antica esposizione preistorica. La parte principale del percorso documenta la storia del territorio lariano attraverso reperti archeologici, a partire dalle più antiche tracce dell'uomo. Nella Sezione di Preistoria e Protostoria è particolarmente ben documentata la Cultura di Golasecca, sviluppatasi nel circondario di Como nel primo millennio a.C. La Sezione Romana presenta la Novum Comum fondata da Cesare e illustra le testimonianze della vita quotidiana del tempo.

Il Laboratorio di Archeobiologia è un centro di ricerca e divulgazione dove vengono studiati i reperti vegetali ed animali e i resti umani provenienti da scavi archeologici.