Il Museo è collocato nel Battistero romanico della Cattedrale di Cremona. Al suo interno si possono ammirare reperti medioevali della cattedrale, tra cui le statue di Baldes e Berta del Magister Nicolaus, un’acquasantiera, statue simbolo degli evangelisti, alcuni picciotti e un angelo bronzeo, il fonte battesimale, una grande cisterna in rosso ammonitico risalente all’inizio del XVI secolo. Opere di notevole rilievo si incontrano nei tre altari della Vergine Addolorata, di San Biagio e nell'altare del Crocifisso sulla parete opposta all’ingresso dove troneggia l’imponente crocifisso trecentesco, alle cui spalle  agli inizi del XVIII secolo fu eseguito l’affresco raffigurante la Vergine, San Giovanni evangelista e Maria Maddalena. 

Il Museo della Chiesa Cattedrale è stato riconosciuto come Raccolta Museale nel 2007.

.