Il Museo di Storia naturale, oggi all'interno di Palazzo Affaitati-Ugolani Dati,  ha origine dalla raccolta del marchese Giuseppe Sigismondo Ala Ponzone (1761-1842). A questo primo nucleo si sono aggiunte, in tempi successivi, altre piccole raccolte donate prevalentemente da naturalisti locali.
Il percorso espositivo inizia con la sezione storica, costituita prevalentemente dal nucleo originario Ala Ponzone, prosegue con un passaggio attraverso le singole discipline - mineralogia, petrografia, paleontologia e zoologia, con sezione botanica nel parco - per arrivare alla lettura del territorio.

Il Museo di Storia naturale è stato riconosciuto come Museo nel 2004.