Edificato alla fine del Duecento, il Convento di San Francesco è un pregevole esempio di architettura conventuale medievale.
Sede della comunità francescana di Bergamo, si arricchisce nel tempo di decorazioni pittoriche e scultoree e diviene luogo di sepoltura di insigni famiglie cittadine.
L'edificio subisce profonde trasformazioni dopo la soppressione napoleonica del 1797: divenuto un ospedale e poi un carcere, perde la sontuosa chiesa nel 1821 e gran parte delle decorazioni. Si possono ancora ammirare i due chiostri, la sala capitolare, l'abside e alcune cappelle della chiesa. Suggestivi sono gli affreschi del XIV secolo: il ciclo pittorico della cappella Bonghi e la Crocifissione nella sala Capitolare. 
Il Convento di San Francesco dal 1997 è sede degli uffici, degli archivi e della biblioteca del Museo delle storie di Bergamo, e ospita il Museo della fotografia Sestini e Bergamo 900, la nuova sezione museale permanente dedicata al Novecento.