Il Museo studia e racconta la storia politica, economica, sociale e culturale della città e del territorio. Si articola su più sedi: il Convento di San Francesco, un pregevole esempio di architettura conventuale medievale edificato alla fine del '200, in cui hanno sede gli uffici, gli archivi, la biblioteca, il Museo della fotografia Sestini e Bergamo 900, la nuova sezione museale permanente dedicata al Novecento (inaugurazione prevista: settembre 2021); il Museo Donizettiano, che illustra la vita e l’attività artistica di Gaetano Donizetti (1797-1848); il Palazzo del Podestà, residenza del Podestà in età comunale e sede dell’amministrazione della giustizia con la dominazione veneziana; il complesso della Rocca, sul colle di Sant’Eufemia, che ospita la sezione
ottocentesca; la Torre civica, detta il Campanone, che con i suoi 52,76 metri di altezza offre una vista panoramica mozzafiato sulla città antica; la Torre dei Caduti, nel cuore della città bassa, dove viene raccontata la vita della città intorno alla Torre, divenuta simbolo della Bergamo moderna.

Il Museo delle Storie di Bergamo è stato riconosciuto come Museo nel 2004.