Inaugurato nel 1936, conserva manoscritti, documenti, strumenti scientifici, preparati anatomici e naturalistici che testimoniano la storia dell’Ateneo, dalle sue origini medievali. I nuclei originari risalgono all’epoca delle riforme di Maria Teresa d’Austria (seconda metà del XVIII sec.). Comprende la sezione di fisica, formatasi intorno agli strumenti del laboratorio di Alessandro Volta e quella di medicina, erede delle collezioni anatomiche che Antonio Scarpa aveva organizzato nei locali che attualmente ospitano il museo.