Il Museo studia e racconta la storia politica, economica, sociale e culturale della città e del territorio. Si articola su più sedi: il Convento di San Francesco, un pregevole esempio di architettura conventuale medievale edificato alla fine del '200, in cui hanno sede gli uffici, gli archivi, la biblioteca, il Museo della fotografia Sestini e Bergamo 900, il museo dedicato alla storia del Novecento; il Museo Donizettiano, che illustra la vita e l’attività artistica di Gaetano Donizetti (1797-1848); il Palazzo del Podestà, residenza del Podestà in età comunale e sede dell’amministrazione della giustizia con la dominazione veneziana, oggi sede del Museo del Cinquecento; il complesso della Rocca, sul colle di Sant’Eufemia, che ospita il Museo dell’Ottocento; la Torre civica, detta Campanone, che con i suoi 52,76 metri di altezza offre una vista panoramica mozzafiato sulla città antica; la Torre dei Caduti, nel cuore della città bassa, dove viene raccontata la vita della città intorno alla Torre, divenuta simbolo della Bergamo moderna. Alla rete si aggiunge “Mura di Bergamo: il Museo”, il nuovo percorso espositivo aperto nella monumentale Porta di S. Agostino, dedicato alla storia della fortezza di Bergamo, dal 2017 patrimonio dell’Umanità.

Il Museo delle Storie di Bergamo è stato riconosciuto come Museo nel 2004.