Nella sede di Palazzo Bassi Rathgeb dal 2021 il nuovo allestimento espone opere di arte antica, provenienti dalla collezione Bernareggi e dal patrimonio diocesano, accostate per tema ad opere di arte contemporanea raccolte nel corso dei progetti espositivi legati in particolare allo spazio dell’Oratorio di San Lupo. La sezione Museo e Tesoro della Cattedrale racconta le origini e la storia della chiesa di Bergamo, e ne illustra le complesse e affascinanti vicende costruttive attraverso le strutture antiche portate alla luce dagli scavi archeologici.

Il Museo Diocesano "Adriano Bernareggi", riconosciuto come Museo nel 2004, si trova all'interno dell'area della città inserita nel sito UNESCO "Opere di difesa veneziane del XVI e XVII secolo".