Il Museo Archeologico dell'Alto Mantovano è composto da 11 sale con 68 vetrine. L’ala direzionale include tre vaste sale didattiche (sala antropologica e paleolitico, sala naturalistica e laboratorio didattico) gli uffici, che comprendono la direzione, la biblioteca e una sala studio. Dal 2011 conserva tutti i materiali dei due siti palafitticoli di Bande di Cavriana e Castellaro Lagusello, riconosciuti dall’UNESCO Patrimonio dell’umanità. La sezione preistorica, è stata recentemente riallestita con una migliore illustrazione del quadro evolutivo e delle importanti interazioni esistenti tra le principali culture europee tra il VI e il I millennio a. C.

Il Museo è stato riconosciuto come Museo provvisoriamente nel 2004 e definitivamente nel 2007.