Il Museo Civico di Palazzo Te sorge nella villa suburbana, prezioso esempio di architettura manierista, voluta da Federico II Gonzaga e progettata e realizzata da Giulio Romano nella prima metà del '500. 
Le sale del pianterreno, che ospitavano gli appartamenti del marchese, conservano le decorazioni  ad affresco e a stucco di Giulio Romano. Al piano superiore si trovano la collezione gonzaghesca di coni, monete, sigilli, medaglie e pesi,  importanti testimonianze sulla monetazione e i sistemi di misura a Mantova e nel suo territorio, la collezione di dipinti Mondadori composta da diciannove opere di Federico Zandomeneghi e tredici opere di Armando Spadini, la collezione egizia “Giuseppe Acerbi” composta da oltre 500 pezzi raccolti dall'illustre mantovano, e quella mesopotamica “Ugo Sissa” di duecentocinquanta pezzi raccolti da Ugo Sissa tra il 1953 e il 1957 durante il suo soggiorno a Baghdad in qualità di capo architetto del Governo.

Il ricco patrimonio conservato all'interno del museo è catalogato in Lombardia Beni Culturali.

Il Museo Civico di Palazzo Te, situato all'interno dell'area della città riconosciuta come Patrimonio UNESCO, è stato riconosciuto come Museo nel 2004.