Il Museo Civico Archeologico fu fondato nel 1561 come raccolta di lapidi romane e si arricchisce nel 1800 con le collezioni di P. Vimercati Sozzi e di G. Mantovani e successivamente con reperti provenienti da scavi effettuati nella città di Bergamo e nel territorio della provincia. Nel 1960 il Museo fu riallestito nel trecentesco Palazzo Visconteo della Cittadella, attuale sede. 
L’esposizione è divisa in sezioni tematiche e presenta reperti datati dal Neolitico all’Alto-medioevo. Dal 1993 il Museo pubblica la rivista Notizie Archeologiche Bergomensi, che accoglie contributi di studiosi italiani e stranieri su argomenti archeologici.

Il Museo Civico Archeologico, riconosciuto come Museo nel 2004, si trova all'interno dell'area della città inserita nel sito UNESCO  "Opere di difesa veneziane del XVI e XVII secolo".