Nasce nel 1979 per volontà del Comune e grazie a donazioni da parte di privati, soprattutto del signor Mario Realini, a cui il museo è intitolato. Dal 2007 ha sede in Villa Braghenti, abitazione in stile liberty. L'esposizione comprende le sezioni: Gemmologica, Litologica, Mineralogica, Paleontologica, Paletnologica, Psammofila e Zoologica, con il diorama con l’airone del fiume Olona.

Il Civico Museo di Scienze Naturali “Mario Realini” è stato riconosciuto come Raccolta Museale nel 2004.