È ospitato all’interno del quattrocentesco complesso ecclesiastico voluto dal Cardinale Branda Castiglioni, celebre per gli affreschi realizzati intorno al 1435 dal fiorentino Masolino da Panicale nella Chiesa Collegiata e nel Battistero. Il museo possiede una significativa collezione di opere mobili: corali in parte miniati, oreficerie, avori, dipinti su tavola e sculture. Svolge attività di conservazione, ricerca, educazione e realizza eventi, principalmente conferenze e concerti.

Il ricco patrimonio conservato all'interno del museo è catalogato in Lombardia Beni Culturali.

Il Museo della Collegiata è stato riconosciuto nel 2009.