I Musei Civici di Varese sono costituiti da tre sedi: Villa Mirabello con il Museo Archeologico e la sezione risorgimentale, il Castello di Masnago con il Museo d’arte moderna e contemporanea, il Museo e l’Area Archeologica dell’Isolino Virginia. Le varie sedi, tutte situate in complessi storico-paesaggistici di alto livello, sono dotate di una collezione permanente aperta al pubblico e ospitano attività espositive temporanee. Molto vivace è l’attività educativa, che coinvolge gli studenti delle scuole di ogni ordine e grado.

I Musei Civici sono stati riconosciuti come Museo nel 2004.