Sorta nel '500, come casa di campagna, la Villa divenne nobile dimora di rappresentanza e fu arricchita all'interno da affreschi rococò e all'esterno da un imponente giardino a terrazze e da una splendida scalinata. Donata al FAI dagli eredi Bozzolo nel 1989, conserva al suo interno un'eccezionale serie di affreschi lombardi del XVIII secolo, cui lavorarono i pittori milanesi Salvione e Bosso, realizzando uno dei cicli decorativi più sofisticati e unitari del '700 lombardo.

Il ricco patrimonio conservato all'interno del museo è catalogato in Lombardia Beni Culturali.

Villa della Porta Bozzolo è stata riconosciuta come Museo nel 2004.