Il percorso museale dei Civici Musei di Arte e Storia si articola attraverso varie sedi cittadine. Il monastero benedettino femminile di San Salvatore e Santa Giulia conserva notevoli testimonianze archeologiche e monumentali (domus romane, le chiese di San Salvatore, di Santa Maria in Solario e di Santa Giulia) ed è affiancato da un’area archeologica, con importanti testimonianze della città romana.  La Pinacoteca Tosio Martinengo, con la sua importante collezione (Raffaello, Foppa, Savoldo, Moretto, Romanino, Lotto, Ceruti, Hayez, Thorvaldsen, Pelagi, Canella e Canova, per citare i nomi più noti), è stata riaperta nel 2018 con un nuovo percorso espositivo, che integra opere d’arte pittoriche e arti decorative (oreficerie, avori, smalti, medaglie, vetri). Il Museo del Risorgimento - Leonessa d'Italia e il Museo delle Armi hanno sede presso il Castello.
L'area monumentale con il complesso monastico di San Salvatore e Santa Giulia fa parte del sito UNESCO "I Longobardi in Italia. I luoghi del potere".
Il ricco patrimonio di opere conservate nei Civici Musei di Arte e Storia è consultabile sul sito LBC Lombardia Beni Culturali.

I Civici Musei di Arte e Storia sono stati riconosciuti da Regione Lombardia come Museo nel 2004.