Presenta il pensiero e l’attività dei Frati Minori Cappuccini, l’ambito culturale e religioso nel quale hanno operato, inserito in ampi percorsi della tradizione e della storia di Milano. Numerose sono le opere d’arte provenienti sia dall’archivio dell’Ordine sia dalle fraternità sparse in Lombardia. La collezione permanente è affiancata da esposizioni temporanee che mostrano il servizio quotidiano fra le persone svolto dai Frati.

Il Museo dei Cappuccini è stato riconosciuto da Regione Lombardia come Museo nel 2004, come Raccolta Museale nel 2015.