Custodisce gli archivi storici e i beni culturali di tre istituzioni cardine dell'assistenza milanese: gli orfanotrofi dei Martinitt e delle Stelline, nati nel XVI secolo, e il Pio Albergo Trivulzio, aperto nel 1771. 
Attraverso i documenti, esposti con una metodologia interattiva, si ripercorre la storia di persone, enti e istituzioni che, tra '800 e '900, si sono prodigati nell’offrire cure mediche, istruzione, lavoro e assistenza a quanti ne avessero bisogno. Presso il museo sono consultabili gli archivi storici dei tre enti, dal 1800 al 1960, e parte della biblioteca dei Martinitt, dotata di oltre ventimila volumi.

Il Museo Martinitt e Stelline è stato riconosciuto da Regione Lombardia come Museo nel 2009.