Nato per valorizzare gli ambienti del complesso monastico, il Museo ha come obiettivo lo studio e la valorizzazione del monachesimo cistercense, compresi gli aspetti relativi all’architettura, all’arte, alla miniatura e alla trasformazione del territorio. Nell'antico dormitorio sono esposti beni artistici provenienti da cappelle e oratori presenti nelle antiche grange dell'abbazia, divenute, a partire dal '500, proprietà dell'Ospedale Maggiore di Milano: sculture lignee realizzate in area lombarda tra XVII e XVIII secolo, arredi liturgici e suppellettili ecclesiastiche. Completa il percorso di visita il Civico Museo "Angelo Comolli", in cui cartoni, bozzetti, dipinti, mobili e fotografie riassumono la vasta e curiosa personalità dell'artista (1863 – 1949).

Il Museo dell'Abbazia di Morimondo è stato riconosciuto da Regione Lombardia come Museo provvisoriamente nel 2007, definitivamente nel 2011.