Nato nell'ex Ospedale Psichiatrico Paolo Pini, si compone di due sezioni. Il MAPP, Museo d'arte contemporanea en plein air, accoglie le opere permanenti di 140 artisti italiani e stranieri di fama nazionale e internazionale e una collezione di lavori realizzati a quattro mani da artisti e pazienti. Nella Sezione Storico-Clinica sono conservati il materiale grafico (disegni su carta, collage, sculture) prodotto dai pazienti dell'Atelier storico, costituito nel 1981 e condotto dall'educatrice Vittoria Bianchini, e l'Archivio storico, costituito da 60.000 cartelle cliniche. 

Il Museo Regionale della Psichiatria è stato riconosciuto da Regione Lombardia come Raccolta Museale nel 2007.