Istituito nel 1774 e annesso all'Università degli Studi di Milano nel 1935, offre aiuole che ospitano le specie medicinali di varie famiglie, a testimonianza del ruolo di alta formazione in medicina e farmacia che l’Orto ha avuto nella sua storia. Altre aiuole sono dedicate a piante tematiche o di uso preminente o di ambienti specifici. Tra le alberature spiccano i patriarchi dell’Orto: due Ginkgo biloba di due secoli e mezzo di vita. Si realizzano visite guidate, laboratori, mostre ed eventi.

All’Orto Botanico di Brera è dedicata una sezione all’interno del VUMM – Virtual Unimi Museum, il nuovo spazio virtuale che illustra il vasto patrimonio artistico e scientifico di proprietà dell’Università degli Studi di Milano.
L’Orto Botanico è inoltre protagonista di uno dei video della serie “La Statale e i suoi tesori”, progetto realizzato dall’Università degli Studi di Milano in collaborazione con Abbonamento Musei Lombardia e Regione Lombardia

L'Orto Botanico di Brera è stato riconosciuto da Regione Lombardia come Museo nel 2017.